独自タグの方を確認してきました。小説ページでもアクセスカウンター表示のタグは使用可能でした。

独自タグ一覧はパソコンでは一番下にありました。（画像1）
スマホの方は申し訳ありません。どこにあるか把握しきれていませんが、おそらくパソコンと同じく下の方にあるのではないかと思います。
アクセスカウンターに関係するタグは画像2です。独自タグ一覧におなじことが載っています。

こちらの独自タグを使用してみたところ、表示されるアクセス数はある小説で作ったページ全てのアクセス数の累計でした。
例としてあげますと、

表紙ページ
↓
目次ページ
↓
ページリストページ
↓
小説本文

という風にアクセスしていった場合アクセス数として表示されるのは、「4」です。小説本文が100ページあったと仮定し、その小説を完読しただけでもアクセス数は「100」回カウントされるわけです。

また、もう一つ「ユニークアクセスカンター」というのもありました。

今日 ：　##uu_today##
昨日 ：　##uu_yesterday##
合計 ：　##uu_total##

これは集計期間中は同一端末で何度アクセスしてもカウント数を「1」とみなすというものです。
なので、「この小説を読んでくれた人数を表示したい！」という場合はこちらの方が良いかもしれません。

ただ、章・ページごとのアクセス数を表示させるのは私が確認した限りではこちらの方法でも無理のように思えます。alice＋さんの小説アクセスカウンターはあくまで「長編小説」のものであるというのが私の印象です。ある小説に章ごとに短編小説を書いて、その短編小説ごとの訪問人数を……というのは無理ということです。
もしページ・章数ごとの閲覧数をどうしても表示させたいのであればおっしゃる通り子ページを挟むしかないのかもしれません。（管理するページ数が膨大になってしまうのでおすすめはできません……）

私が分かる範囲は以上ですが、もし納得いかなければ問い合わせをしてもいいのかもしれませんね（要望が多ければ短編小説という機能を作ってくださるかもしれませんし……）