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ご回答ありがとうございます！

＞どのページ(url)で警告がでるのかわかりますか？それから閲覧者の環境等の報告はありますか？

「大多数のページ」という表記のみで、その方の閲覧環境についての報告はありませんでした。
投稿後、運営への問い合わせという手段に思い至って問い合わせましたが、3営業日経過しても返信がなく…今も回答待ちです。

＞Wi-Fi下で閲覧してるからプライベートではない(暗号化されていない)→安全ではないってメッセージが出てるだけだったりする・・・？

そういう可能性も考えられるんですね！不勉強ですみません。
サイト自体は一日平均700程度のアクセスがあり、拍手もぼちぼちいただいていますが、この方以外にそういった報告はありません。この方も警告表示の報告以外に作品の感想も書いてくださっているので、閲覧自体はできているのだと思われます（警告を無視している可能性もありますが…）。
ひとまず報告者の方に向けて警告の出るページと閲覧環境を教えていただけるよう呼びかけ、他にも報告が上がってくればサイトの休止も検討したいと思います。
ご丁寧にありがとうございました！

どのページ(url)で警告がでるのかわかりますか？それから閲覧者の環境等の報告はありますか？
もしも本当にサイトに危険性があるのなら、まず運営に問い合わせをするなり、安全が確立されるまでサイトを一時的に休止、一時避難するなりしたほうがいいと思うのですが・・・

＞拍手から、ということは拍手ページではメッセージが出てこないんですよね？それと拍手を置いてるページでも出てこないのだろうか。
Wi-Fi下で閲覧してるからプライベートではない(暗号化されていない)→安全ではないってメッセージが出てるだけだったりする・・・？
同じクロームですが、今のところ、警告表示は出たことないです。