私もおそらく同じ状況になり、解決したので送らせていただきます。
デザイン編集で<header></header>のタグを<div id="header"></div>に変更し、
HEAD編集でheader{〜〜〜}の前に#を追加して対応させてください。
headerやfooter部分に広告が出るのかなと思ったので試してみたら解決しました。
私の使用しているデザインはこの変更でもデザイン崩れの問題はありませんでした。