>>5
できました…。ありがとうございます。
原因もわかりました。
どうやら、Chromeでキャッシュ削除したあと、アプリキルしてなかったのが原因だったようです。
タブを閉じてるから大丈夫だろうと一度もアプリ再起動しておらず、ご指摘を受けてもう一度削除し、アプリキルもしたところ、すべて明朝体になりました。
こんな初歩的なミスだったとは、お恥ずかしい限りです。

しち様、ご丁寧にご教示いただきありがとうございます。教えていただいたクラスセレクタの技も今後活用させていただきます。

>>3様も助けていただきありがとうございます。最初のご指摘の時にすぐにアプリ再起動まで試さずに失礼しました。

ありがとうございます。

>>4
念のためなのですが、キャッシュクリアはChromeアプリ内で行っていますか？
▼参考
キャッシュと Cookie の消去 - iPhone と iPad - Google アカウント ヘルプ

自分はAndroidなのですが、以前「クリーナーアプリ等でスマホのキャッシュクリアを行ったのに、Chromeだけキャッシュが削除されなかったらしく、古いCSSが読み込まれてしまう」ということがありました。
そのときは上記のようにChromeアプリ内でキャッシュ削除の操作をしたところ、新しいCSSが無事読み込まれました。

お話を聞く限りでは、「古いCSSが読み込まれてしまっている」以外の原因がどうにも思い当たらないので念のため……。


上記の方法でも解決してないとしたら、
今お使いのクラスセレクタ「.mincho」を活用して、そのゴシック体になってしまう部分にも明朝体を指定してみるのも手かと……。

一部だけゴシック体のまま、というのは<ruby>・<span>要素ですか？

それでしたら親要素に「mincho」のクラスセレクタがついている<ruby><span>だけにフォント指定をするなどどうでしょうか？
例)━━━━

.mincho ruby,
.mincho span{
font-family:serif;
}

━━━━━━
▼参考
CSSでセレクタを自由に操る！便利な指定方法をわかりやすく解説！ | ZeroPlus Media


この指定の仕方なら、「親要素に『mincho』クラスが付与されているときのみ子要素の<ruby><span>を明朝体にする」ことができます。

>>3
はい。念のため今もう一度削除してみまして、アプリバージョンアップもしましたが、やはりiPhoneの Chromeで見ると明朝体の中にゴシック体が残ってしまいました。

>>2
変更後に1度、キャッシュの削除はされましたか？

>>1
トピ主です。記事の修正ができず、何度も投稿して申し訳ありません。

font-familyを * からbody に移動させて直ったと思いましたが、デバイスによっては直っておらず、一部だけゴシック体が残ったままとなっていました。
確認ができた動作は以下の通りです。
メジャーな媒体で差異をなくす方法はありますでしょうか。

iPad / Safari : OK
iPad / Chrome : OK
iPhone / Safari : OK
iPhone / Chrome : NG

>>0
すみません… ゴシック体の設定を * ではなく body に移動させたらアッサリ解決しました…。
* にはフォントを設定するのは非推奨なのでしょうか…知りませんでした…
お騒がせしました。