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念のためなのですが、
〔一覧表示でのタイトルの右〕に</div>を入力しているのは、スクショで言うと
『章1ページ2』『章2ページ1』のみ、ということですよね？

この</div>が言わば「枠の終点」を示すタグなので、これが想定外の場所に入っているのが問題なのだと考えられます。
現状だと『章1ページ0』『章2ページ0』の直後にそれぞれ</div>が入っているかのようですが、そこには入れていないのですよね？


</div>の挿入箇所に誤りがないのであれば、ナノ仕様テンプレに合わせて、ナノのリンクの並べ方を再現すれば解決するかもしれません。
まずは以下を試してみてください。
とっくに試してるよ！ということなら3️⃣をご確認ください。

>1️⃣ 小説機能の【基本設定】で、
>〔章･ページ改行設定〕を
>『章・ページを横並びにする』に設定

これを選択すると、章目次へのリンクや各ページへのリンクが、
*　リンク1リンク2リンク3……
というように横並びになります。

>2️⃣ この時点で試しに、配布元さんの指示に従い、
>　�A章の終わり（最終話）の「一覧表示でのタイトルの右」に下記を入力
>　</div>

をやってみてください。
想定どおり、最終話リンクまで枠線の中に入るようになりませんか？
（※リンクを縦並びに戻す方法は後述）

#3️⃣ もしまだ枠の中に１話しか入らない状態なら、HTMLやCSSを教えてください
HTMLは【表紙画面編集】、使っているなら【目次画面編集】【全体デザイン】【ページリストレイアウト編集】、
CSSは、ナノ仕様ということなら【HEAD編集】に貼っているかと思います（<style>タグ以下のみ分かればOKです）。
HTMLやCSSの構造が分かると、問題点も分かりやすいので……。

#枠内には入ったけど、「リンクは縦に並べたいよ」ということなら↓

>4️⃣【ページリストレイアウト編集】に、改行タグ<br>を入れる
デフォルト状態だと↓です。
━━━━━
##left_text##<a href="#page_url#">#page_title#</a>##right_text##
━━━━━
この末尾、##right_text##の右に改行タグ『<br>』を入れてください。
↓
━━━━━
##left_text##<a href="#page_url#">#page_title#</a>##right_text##<br>
━━━━━
こうすると、各ページのリンクが縦並びになります（＝リンクとリンクの間に改行が入る）。

何をしたかと言うと、
『各ページの〔一覧表示でのタイトルの右（##right_text##）〕の直後に改行タグ<br>が毎回入る』ようにしました。

1️⃣と4️⃣を行うことで、ナノの小説リストの並び方を大体再現できます。
これによりナノ仕様のテンプレがそのまま使えるようになる可能性があります。


****** 補足 ******
>【ページリストレイアウト編集】とは？
各ページのリンクを#list#で自動挿入する際の、各リンク周辺のタグ構造を自由に編集できるところです。
デフォルトだと、以下の構造になっています。
━━━━━
##left_text##<a href="#page_url#">#page_title#</a>##right_text##
↓
〔一覧表示でのタイトルの左〕<a href="〔ページのURL〕">〔ページタイトル〕</a>〔一覧表示でのタイトルの右〕
━━━━━
１つページを作る度、上記の構造で各ページのリンクがリストに挿入されていきます。
なので各リンクの後ろに改行を入れたければ「##right_text##の右に改行タグ『<br>』を入れる」……となります。

もしもリンクの並べ方を『リンク1 / リンク2 / リンク3...』など横並びにして記号で区切りたいときは、
改行タグ『<br>』の代わりに、区切りに使いたい記号やスペースを入れれば叶います。

>『章を作る』で章フォルダを作ったら、章リンクが「章1章2章3…」と横並びになってしまう
各章の編集画面で〔一覧表示でのタイトルの右〕に改行タグ『<br>』を入れてください。
【ページリストレイアウト編集】に足した改行タグ<br>は、章リンクの右には足されません。
なので章リンクを縦並びにしたい場合、各章〔一覧表示でのタイトルの右〕に改行タグ『<br>』を入れる必要があります。

>ナノの『縦並び』とALICE+の『縦並び』、何が違うの
ナノのリストは、
*　リンク<br>
*　リンク<br>
*　リンク<br>
と改行タグ<br>で縦並びにするのに対し、ALICE+では、
*　<div>リンク</div>
*　<div>リンク</div>
*　<div>リンク</div>
と<div>タグを使って縦に積んでいくので、その仕様を考慮せず<div>や<p>を用いたデザインのテンプレを使うと、デザイン崩れを起こす場合があります。
ご参考まで……。