>>1
お返事ありがとうございます。
HTMLが原因ではないか？とのことで表紙とページリストレイアウトを確認したところ、ご指摘通りページリストレイアウトをこのように書いていました。

　　<ol><li>##left_text##<a href="#page_url#">#page_title#</a>##right_text##</li></ol>

🅰️の方法で動作確認をしたところ無事解決したので、ご報告にあがりました。
いつもわかりやすくご説明いただき、ありがとうございます。

>>0
見た感じ、HTMLのほうに原因があるのでは？という気がします。
以下🅰️🅱️いずれかの方法で解決しないでしょうか？

#🅰️ #list#を使う場合
>>【表紙画面編集】（使用しているなら【目次画面編集】にも）へ、
━━━━━━━━━━

<ol>
#list#
</ol>

━━━━━━━━━━
と記入。次に、

>>【ページリストレイアウト編集】へ
━━━━━━━━━━

<li>##left_text##<a href="#page_url#">#page_title#</a>##right_text##

━━━━━━━━━━
と記入。

こうすると、本文ページを追加するたび自動的に
『 <li><a href="……">ページタイトル</a> 』
という形でリンクが追加されていきます。

*※<li>タグは終了タグを省略可能なので、省略した形にしています。
*※もし終了タグが入れたければ
*━━━━━━━━━━

<li>##left_text##<a href="#page_url#">#page_title#</a>##right_text##</li>

*━━━━━━━━━━
*と、終了タグを末尾に追加してください。




#🅱️ #list#を使わない場合
>>【表紙画面編集】（使用しているなら【目次画面編集】にも）へ、
━━━━━━━━━━

<ol>
<li><a href="……">ひとつめ</a>
<li><a href="……">ふたつめ</a>
<li><a href="……">みっつめ</a>
</ol>

━━━━━━━━━━
と記入。
※こちらも終了タグ</li>を省略しています。終了タグを入れるかどうかはお好みで。

・
・
・
***蛇足
おそらくですが>>0の状態はHTMLを
━━━━━━━━━━
<ol><li><a href="……">ひとつめ</a></ol>
<ol><li><a href="……">ふたつめ</a></ol>
<ol><li><a href="……">みっつめ</a></ol>
━━━━━━━━━━
……と、リンク一つ一つを『<ol>　<li>リンク</li>　</ol>』という形で書いてしまっているのでは？と思いました。
この２種類のタグは、

<ol>：リスト
<li>：リスト内の項目

ですので、
*　<ol>　<li>リンク</li>　</ol>
*　<ol>　<li>リンク</li>　</ol>
*　<ol>　<li>リンク</li>　</ol>…
となっていると、

『リスト（<ol>）が３つ』作成され、
肝心のリンクは『各リストに１つずつ』入っているため、
全部のリンクが『そのリストの中で１番目の項目』になってしまいます。
よってこの場合は、ナンバリングされたら全項目が「01」になります。