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基本的に《小説設定》のほうを使えばOKです。
管理人が小説を書いて、書いたものをサイトに公開するだけ、ならこちらです。

《会員制小説投稿機能》のほうは、管理人以外の人（サイトの訪問者さん）も小説をサイトに投稿できる機能みたいです。

以下、会員制小説小説投稿機能にあるヘルプより引用。

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>会員制小説投稿機能とは:
>一般ユーザーが自由に小説を公開できるWEBサイトです。
>そのWEBサイトを運営するシステム(機能)の１つです。
>ユーザーは登録して小説を投稿することになります。
>ユーザーが利用する小説はALICE+に実装されている小説機能と同等になります。
>ALICE+のトップページにも小説サイトの独自タグは利用できます。
>1ホームページIDに１会員制小説投稿機能が設置できます。
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