>>0
あっ……書き込んでから思いつきましたが、もしかして小説のリンクを
*　<a href="/サイトID/novel/小説番号/ページ番号/">ページ１</a>
……みたいに、<a>タグで手書きしていたりはしませんか？

もしそうしているなら、管理画面でいくら〔並び替え〕を行ってもリンクの順番は変わりません。

何故かというと、URLの『ページ番号』は〔並び替え〕ても変わらないからです。
*　<a href="/サイトID/novel/小説番号/2/">ページ１</a>
*　<a href="/サイトID/novel/小説番号/1/">ページ２</a>
……と、URLのページ番号と表示したいページが不一致になっている、とか……。

独自タグ#list#を使ってリンクを表示しているなら、〔並び替え〕がきかないはずはないのですが……。
リンクはどこ（【表紙画面編集】？【目次画面編集】？）に、どうやって設置していますか？