>>0
>『（小説分岐となる）メインページ』に、『長編ページリスト画面（＝表紙）へのリンク』＆『短編ページリスト』を置きたい
ということでしたら、↓のデモページが恐らく>>0さんの目指していらっしゃる形ではないかと。
https://alicex.jp/0piran0/novel/7/　（短編表紙画面を、長編／短編の分岐ページにする）
※旧助け合い掲示板時代、どこかの過去スレ用に作ったデモページです。

詳しい作り方に関しては、上記デモページ内に記述しております。が、一応補足をば……。

デモページでは、計３つの小説機能を使っています。
*　『長編Ａ』…　https://alicex.jp/サイトID/novel/★/
*　『長編Ｂ』…　https://alicex.jp/サイトID/novel/●/
*　『短編置き場』…　https://alicex.jp/サイトID/novel/◇/

『長編Ａ』『長編Ｂ』へのリンクは、それぞれ「　#novel★_長編Ａ#　」といったリンク貼り付け用独自タグで、「『短編置き場』の【表紙画面編集】に」置いています。

短編本文ページへのリンクは、「　#list#　」の独自タグで貼っています。
※〔章を作る〕を使用せず、各本文ページをトップ階層に作成しています。章に格納すると、『メインページ　→　章内目次画面　→　小説本文』とリンクをタップする回数が増えてしまうためです。

> 「独自タグ#list#を使いたくない場合」や「表紙や目次が不要な場合」に、
> 本文ページへのリンクを貼るには

*　<a href="/サイトID/novel/小説番号/ページ番号/">短編１</a>

と、<a>タグを手打ちして設置するほかありません。
（本文ページへのリンクは、個別の貼り付け用独自タグが用意されていないため）

#『メインページ』を“子ページ”で作る場合は、↑の<a>タグで各本文ページへのリンクを１つ１つ貼る以外ありません。
その場合、リンク先のURLを<a>タグ内に書かなければいけないわけですが……
各本文ページのURLを知る方法の１つとして、「小説本文の編集画面のURLを見る」というのもあります。添付画像をご覧ください。

編集画面URLの後ろの方に「　page_id=◎&cid=サイトID&novel_id=◇　」とあった場合、この本文ページのURLは「/サイトID/novel/◇/◎/」です。
「novel_id＝小説番号」「page_id＝ページ番号」というわけです。

> ＳＳの場合は特に表紙や目次のページは不要なので、小説の表紙編集のページに短編小説の本文も打ち込み、…
ＳＳ１つにつき、１つの小説機能を毎回作成しているということでしょうか？
よほどでない限りはお勧めできません。理由としては、
*●よくアクセスする（＝更新頻度の高い）長編用の小説機能が、ＳＳ小説機能達に埋没して、更新の際ちょっと面倒になるから
管理画面の小説一覧は、フォルダ分けはできますが、小説機能の並び替えができません。
ので、小説機能を沢山作っていくと一覧が混み合ってきます。（例えば私は、デモページ作りすぎて、笑えるくらい一覧が混沌としております……）

もっとも、「ＳＳごとにデザインを大きく変えたい」といった場合なら、デザインごとに小説機能を作るのもありです。
ただその場合でも、「【表紙画面】に小説本文を書く」ことはないかな？という気がします。
先述した<a>タグで『小説本文ページへ直接飛べるリンク』を作ってしまえば、【表紙画面】も【目次画面】も作る必要がないからです。

あと、
> （【表紙画面編集】に）入力した文章は改行されず、区切りのない文字の塊のような小説として非常に読みづらいページになってしまいました。
これは、【表紙画面編集】で〔自動改行する〕のチェックが外れているせいだと思います。

〔自動改行する〕にチェックが入っていると、デザイン編集枠内の改行箇所が、改行タグ『　<br>　』に変換されるため、Webページ上でも改行として反映されます。
多分>>0さんの現状ＳＳページも、自動改行する設定に変えれば「改行されず、区切りのない……」状態からは脱せるかと思います。

（なお〔ページを作る〕で作成した小説本文は、デフォルトで「改行を<br>に変換する」設定になっています。自動改行とはこれのことです）

ただ、テンプレは自動改行をしない設定で作られている場合が多いため、〔自動改行する〕を実行するとデザインが崩れたりする恐れがあります。
自動改行しない設定のまま“改行”を行いたいときは、『　<br>　』という改行を入れるためのタグを都度書いていくことになります。